市盈率的波动对于衡量上市公司的股票价值有重要的意义，但是由于本身的原因，市盈率的缺点也有很多，主要是以下几个方面：

　　（1）计算方法本身存在缺陷。成份股指数样本股票的选择是随机的。每个国家和市场计算的平均市盈率与其选定的样本股票相关。当调整样本时，平均市盈率也将发生变化。在综合指数分析中，也存在低利润股和亏损股对市盈率的影响不连续的问题。

　　（2）市盈率非常不稳定。随着经济的周期性波动，上市公司的每股收益将大幅波动，以这种方式计算的平均市盈率也将大幅波动，这种情况下如果根据市盈率来调控股市，将不可避免地引发股市动荡。

　　（3）每股收益只是股票投资价值的影响因素其中之一。当投资者选择股票时，他们不一定只看市盈率。根据市盈率也很难说某只股票有投资价值或没有投资价值。而实际上，许多因素共同作用才能决定股票的价值或价格，用市盈率指标来判断股票价格是高是低不够全面。

　　虽然市盈率的缺点存在很多，但它对于衡量一只股票的价值仍然具有重要的参考价值，当然前提是上市公司的信息是真实的。然而，中国上市公司的会计信息造假违规，可信度较低。在造假和提供虚假财务信息问题相当严重的前提下，用市盈率指标来评价一个公司的价值显然是不可能的。更突出的问题是，中国上市公司特殊的股权结构也决定了上市公司的价值无法与市盈率进行横向比较。全流通股票的市盈率将会更低，但如果不是全流通，市盈率将会更高。

　　市盈率指标在当前中国股市没有参考作用，更重要原因在于，大多数上市公司不是分红或分红。大多数上市公司一味索取无回报或低回报的疯狂圈钱行为，也决定了投资价值不能用客观标准来衡量。例如，原油的再融资政策十分宽松，已经将收益率，三年平均净资产的10％修改为6％，但很多上市公司为了保护这6％做了假账，骗取配股资格。

　　上市公司应该是中国企业中的优秀代表，但是，上市公司的整体效益却在逐年下降，募集资金的使用效率越来越低。对于最宝贵的资金资源，其配置效率极低，应该引起全社会的高度重视。这一现象确实令人担忧，也表明上市公司的整体素质有待提高。